感謝上帝，於1930 年感動母會東門巴克禮紀念教會來開山町（開山路）開設高砂町說教所，於1933 年1 月第一個主日開始上午的禮拜，也開啟了南門教會的歷史，迄今已歷經85 年。

　　本會於1946 年得時任長榮中學校長，亦是國民政府接收委員之一的本會信徒趙天慈校長爭取，沿用南門路原屬日本聖公會禮拜堂為本會會堂。二次大戰末期，中國大陸發生國共戰爭，眾多外省基督徒陸續來到台灣，並參加各教會禮拜聚會。1948 年改稱「南門教會」。中會傳道部派劉晉奇為本會專任傳道師，並開始台語講道，翻譯國語。

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　　1949 年市內各教會議決請外省弟兄轉到南門教會的國語禮拜。（註：太平境馬雅各紀念教會90年史。頁513）同年趙天慈校長從長榮中學調派梁德慧、王守賢、閻靜平三位老師協助本會事工，同時牧養外省基督徒。

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　　1950 年升格為堂會，5 月開始有國語禮拜（因此後來演變有台語部與國語部）。8 月封立劉晉奇傳道師為本會第一任牧師。

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　　1952 年聘閻靜平牧師為本會國語部專任牧師。1957 年開設大同教會、1963 年開設臨安教會、1964 年開設大光教會。

　　1973 年孫鴻鎮牧師就任第二任牧師。

　　1983 年開設海佃教會，並聘顏信星牧師派駐海佃教會牧會。1984 年會友林東笋兄弟奉獻五期重劃土地180 坪( 建平十四街) 登記在財團法人台南中會名下。（30 年後，這塊地成為自南門教會分離出去的國語部，並改名為十二石教會的所在地。）
　　1993 年黃豐明牧師、李天慈牧師夫婦就任第三任牧師。

　　1998 年有61 名陪餐會員與12 名未陪餐會員轉出成立迦南教會。

　　2000 年聘陳光明牧師為關懷牧師，任期至2003 年7月31 日離職。

　　2003 年開始建造現今南門教會禮拜，並於2005 年完工使用。

　　2009 年3月31 日黃豐明牧師、李天慈牧師夫婦離職。同年4 月1 日南門教會國語部自南門教會獨立出去為「南門國語教會」，並聘黃豐明牧師與李天慈牧師為該會牧師。（註：已獨立為堂會的南門國語教會，卻依然與南門教會共同使用同一建築物，自此南門教會與南門國語教會紛爭不斷。）
　　2009 年8 月起聘請黃德成牧師在無牧期間協助牧會工作乙年。
　　2010 年9 月楊榮敦牧師就任第四任牧師。2013 年1 月楊恒銘牧師就任關懷牧師。
　　2014 年10 月15 日在中會協調下南門國語教會搬離南門教會，並改名為十二石教會。
　　2015 年8 月7 日楊榮敦牧師探訪信徒時，幫忙採收龍眼，從樹上摔下來，頸椎滑脫，神經嚴重受損。楊恒銘牧師撐起牧會事工。2016 年2 月楊榮敦牧師出院復職，並開始主持會議、講道、與聖禮典。

　　2018 年7 月29 日楊恒銘牧師盡程退休感恩禮拜。

　　2018 年8 月5日陳信昌牧師就任關懷牧師。
　　感謝上帝，在本會設教85 週年的期間，雖然期間難免有一些不盡人意的事情。但這中間實在都有上帝美好的旨意與安排，處處都可經驗到上帝的預備與帶領。感謝主。